Όπως αναφέραμε στην εισαγωγή, το σημερινό Aikido αποτελεί δημιούργημα του Morihei Ueshiba (1883 -1969) βασισμένο στην σχολή Daitō-ryū του Takeda Sōkaku. Οι επίγονοι του Takeda τοποθετούν τις απαρχές του Daitō-ryū στις αρχές τού 9ου αιώνα, κάτι που δεν έχει επιβεβαιωθεί από ιστορικά ντοκουμέντα. Εντούτοις, τόσο η ιστοριογραφική έρευνα όσο και οι σημερινοί δάσκαλοι Daitō-ryū αποδέχονται σαν ελάχιστο κοινό παρονομαστή έναν σημαντικό ξιφομάχο της πρώιμης περιόδου Edo, τον Goto Tamauemon Tadayoshi (1677-1736). O Goto προσελήφθη το 1672 από το φέουδο Aizu (Aizu han Aizu 会津) στην θέση του κυρίως δασκάλου πολεμικών τεχνών. Ιστορικά θεωρείται ως ο βασικός εισηγητής του προγράμματος διδασκαλίας πολεμικών τεχνών του φέουδου. Το πρόγραμμα περιελάμβανε τα ακόλουθα αντικείμενα:
- tojutsu – τεχνικές ξίφους
- kyuba – έφιππη τοξοβολία και ιππασία
- sojutsu – τεχνικές λόγχης
- kajutsu – γνώση των αρκεβούζιων
- jujtsu – τεχνικές άοπλης μάχης, κυρίως της σχολής Mizuno Shinto Ryu
Η Ιαπωνική κοινωνία της περιόδου Edo χαρακτηρίζεται ως σχετικά ειρηνική σε αντίθεση με την προηγούμενη περίοδο, που έχει μείνει γνωστή ως περίοδος των εμφυλίων πολέμων (Sengoku Jidai 戦国時代,). Τα νέα κοινωνικά ήθη δεν επέτρεπαν την ευδοκίμηση των μαχητικών τεχνικών και πολλές σχολές ατόνησαν ή έχασαν τον πολεμικό τους χαρακτήρα. Για να προφυλαχθούν από την γενική κατάπτωση του πολεμικού ήθους και για να διατηρήσουν την πολεμική τους δεινότητα, οι μαχητές του φέουδου Aizu συγκέντρωσαν τις καλύτερες άοπλες τεχνικές και σχολές σε ένα ενιαίο σύστημα με την ονομασία Oshikiuchi. To Oshikiuchi ήταν εσωτερικό σύστημα του φέουδου και φυλαγόταν σαν πολύτιμο μυστικό. Παρέμενε δε υποχρεωτική γνώση για την οικογένεια των ηγεμόνων του Aizu καθώς και για όλα τα ανώτερα διοικητικά στελέχη.
Το κλείσιμο της περιόδου Edo, βρήκε το Oshikiuchi να τελεί υπό την διοικητική εποπτεία του Saigo Tanomo Chikamasa (1829-1905), ο οποίος κατείχε την θέση υπουργού στο φέουδοo Aizu μέχρι την διάλυση του το 1868. Μετά από πολύχρονη φυλάκιση ο Saigo αφέθηκε ελεύθερος το 1872 και λίγο αργότερα έγινε ιερέας Shinto στο ναό Toshogu που είναι αφιερωμένος στον σημαντικότερο πολεμικό ηγέτη της προ-νεωτερικής Ιαπωνίας τον Tokugawa Ieyasu. Για αρκετά χρόνια ο Saigo προσπάθησε να εκπαίδευσει έναν άξιο συνεχιστή της εσωτερικής τέχνης των Aizu, οι προσπάθειες του όμως δεν στέφθηκαν από κάποια επιτυχία. Το 1889 ο Saigo γνώρισε τον Takeda Sokaku ο οποίος ήταν ήδη φτασμένος ξιφομάχος. Αναγνωρίζοντας την αξία και τις ικανότητες του Sokaku, o Saigo μετέδωσε τα μυστικά της τέχνης του Oshikiuchi. Ο Takeda συνδύασε τις τεχνικές που γνώριζε ήδη με το Oshikiuchi παράγοντας αυτό που αποκαλούσε Daitō-ryū Jujutsu ή Daitō-ryū Aikijujutsu.
Η γνωριμία του Takeda με τον Ueshiba έγινε το 1915, όταν ο τελευταίος εγκαταστάθηκε στο νησί Hokaido με την πρόθεση να ασκήσει το επάγγελμα του αγρότη. Ο Ueshiba είχε εξασκηθεί σε διάφορες σχολές πολεμικών τεχνών πριν γνωρίσει τον Takeda και η γνώση αυτή τον βοήθησε να αφομοιώσει το Daitō-ryū σχετικά γρήγορα. Το 1917 ο Takeda απένειμε στον Ueshiba ένα ειδικό πιστοποιητικό που αναγνώριζε την πλήρη γνώση 36 τεχνικών. Το 1922 ο Takeda χορήγησε στον Ueshiba την άδεια διδασκαλίας (menkyo kaiden) του aikijujutsu.
Ο Ueshiba είχε συνδεθεί με την θρησκευτική οργάνωση Oomoto (Oomoto-kyo 大本教) και τον πατριάρχη της Deguchi Onisaburo (出口 王仁三郎) τον οποίο γνώρισε το 1910. Το 1924 ο Deguchi διωκόμενος από τις Ιαπωνικές αρχές με την κατηγορία της οργάνωσης πραξικοπηματικών ενεργειών και της ασέβειας στο πρόσωπο του αυτοκράτορα, κατέφυγε στην Μογγολία θέλοντας από την μια να αποφύγει την σύλληψη και από την άλλη φιλοδοξώντας να εδραιώσει τον εαυτό του ως απόλυτο πνευματικό ηγέτη, μιας υπό τον ίδιο πνευματικά και πολιτικά ενοποιημένης Μογγολίας.
Ο Ueshiba τον συντρόφευσε στην αποστολή και υπήρξε προσωπικός σωματοφύλακας αλλά και εκπαιδευτής τον στρατιωτών του «πνευματικού στρατού» του. Ο βασικός σπόνσορας του Μογγολικού εγχειρήματος υπήρξε ο πολέμαρχος Chang Tsao-Lin. Ο Chang συνειδητοποίησε σχετικά γρήγορα τις υπερφίαλες αλλά και δυνητικά επικίνδυνες για τον ίδιο βλέψεις του Deguchi και επιτέθηκε και συνέλαβε τον επονομαζόμενο «πνευματικό στρατό». Ο Ueshiba, ο Deguchi και τα άλλα μέλη της αποστολής βρέθηκαν μπροστά στο εκτελεστικό απόσπασμα χρειάστηκε η παρέμβαση του Ιάπωνα πρόξενου στην Μογγολία για να σωθούν. Αν και το εγχείρημα απέτυχε επέτρεψε στον Ueshiba να χρησιμοποιήσει στην πράξη τις γνώσεις του στις πολεμικές τέχνες. Μετά την επιστροφή και των δύο στην Ιαπωνία ο Deguchi παρότρυνε τον Ueshiba να αναπτύξει την τέχνη του προς μια πιο ειρηνική κατεύθυνση.
To 1932 o Ueshiba ξεκίνησε την δική του σχολή στην περιοχή Shinjuku του Tokyo. Λίγα χρόνια αργότερα το 1938 αποστασιοποιήθηκε πλήρως από τον Takeda και τo Daitō-ryū, οργώνοντας την ύλη του Aikijujutsu και διδάσκοντας την τεχνική του με το όνομα που είναι γνωστή και σήμερα: Aiki-Dō.
Ο Ueshiba συνέχισε να διδάσκει την τέχνη του ως το θάνατο του το 1969. Οι προσωπικοί μαθητές του δημιούργησαν διαφορετικά παρακλάδια και αντίστοιχες οργανώσεις, κάνοντας το Aiki-Dō ένα από τα πλέον διαδεδομένα συστήματα πολεμικών τεχνών στον κόσμο.